此时的州牧不但拥有地方的执政权，同时还有军权，可以说，如果哪位州牧不想效忠朝廷了，用自己的权力宣布割据地方都是可以的，权力实在是太大了。实际上在乱世中，刘秀所任命的州牧必然是他信赖之人，例如幽州牧朱浮，此人早年就一直跟随刘秀，从主簿做到偏将军，然后被刘秀任命为幽州牧，坐镇北方。东汉开国时，全国并未统一，在经历了十二年之久的统一战争后，在建武十二年（36年），大司马吴汉率军攻破成都，消灭公孙述政权。至此，乱世结束，朝廷对官制的改革也步入正轨。刘秀不可能允许在和平年代，地方上还有实权过大的官员存在。例如前文中提到的朱浮就被征入朝廷担任太仆了。不光是州牧，刘秀早先为了削弱三公，把大司空改名为司空，大司徒改名为司徒，大司马改成太尉，然后设立尚书台，提高尚书的职能，朝廷很多基本政务都可以在尚书台独立完成，三公只不过是在某些重大朝廷会议上出场，参与讨论，从此，三公更像是一种荣耀职务。早在建武十一年（35年），刘秀便免除朔方牧，并入并州，但全面撤除州牧，还是过了几年，在建武十八年（42年），“省州牧，置刺史“，从此东汉帝国除司隶之外，其他州全部恢复刺史部。说到“司隶部”，就是东汉都城雒阳和长安所在的地区，一共有两尹五郡，也相当于一州之地。司隶部设的是司隶校尉，而不存在有“司隶刺史”。《百官志五》：建武十八年，复为刺史，十二人各主一州，其一州属司隶校尉。因为司隶部既有西汉都城长安，又有东汉都城雒阳，几百年帝陵都在此，所以政治意义重大，司隶校尉的职责也更是重要，担任这个职务的人都是皇帝信赖之人。司隶校尉的官秩是“比二千石”，比起六百石的刺史是高多了，但是又稍逊二千石的太守。
可是实际上呢，司隶校尉的职权可是很高的，是可以不用把太守放在眼里的。比如大将军、三公是一个档次，往下九卿是中二千石，太守是二千石，各种校尉，中郎将是比二千石。
司隶校尉这个比二千石的官职，在朝廷廷议和朝会时，其地位是在三公之下，九卿之上。蔡质《汉仪》：司隶（校尉）诣台廷议，处九卿上，朝贺处公卿下陪卿上。而且司隶校尉和御史大夫、尚书令这两位“台阁领导”一样拥有专人席位，并号称“三独坐”。《汉官仪》：御史大夫、尚书令、司隶校尉，皆专席，号“三独坐”。在蔡质《汉仪》还提到司隶校尉“职在典京师，外部诸郡，无所不纠”，每次开会时，有“后到，先走”的特权。看看，是不是特别强势？实际上，东汉有这样的司隶校尉还是被削弱过的，早在西汉时，司隶校尉是有领兵一千二百人的，到汉武帝时，因为巫蛊案，司隶校尉才被削除兵权。东汉时，司隶校尉也不能领兵，只有特殊情况下，由朝廷（皇帝）批准，才可以领兵。《百官志》：其有军事，则置兵曹从事，主兵事。在东汉的历史上，司隶很少有发生大规模动乱，乃至需要司隶校尉领兵的机会。倒是在汉末，大将军何进试图征调外兵进京，讨伐宦官，时任司隶校尉的袁绍就私下招募了一千多人的私兵，因为是违制，所以这些人都是见不得光的。后来，何进在皇宫中被宦官杀害时，袁绍就是带着这一千多私兵冲入皇宫，屠杀宦官。在东汉末年，还有一件重大的事件，就是汉灵帝在中平五年（188年），开始重设州牧。东汉帝国自（42年）至此，有一百多年，是没有州牧的，因为整体来说，地方上是很和平，即使有叛乱发生，也是小规模，且持续时间不长，郡太守或者朝廷派兵讨伐即可，也有刺史领兵的案例，但实在没有改州牧的必要。
一般来说，但凡地方出现叛乱，都是刺史和太守们合作讨平叛军，到了中平年间，从席卷全国的黄巾之乱，到黑山军、乌桓、黄巾军余党持续作乱，此前昏庸的汉灵帝才认识到，自己之前的执政措施实在是太糟糕了，必须得有所改革。位列九卿的太常刘焉，就向汉灵帝提议，重新恢复州牧制度，让有名望，有能力的大臣出镇地方（当然也包括他自己）。汉灵帝考虑再三，便同意了这个议案。但是汉灵帝还是很谨慎，在本年，只先后设立了三位州牧。
当时益州有黄巾作乱，刺史郤俭被杀，刘焉便求得益州牧，前往益州。另外幽州的乌桓参与的二张之乱也是持续了一年多，汉灵帝选拔曾经在幽州工作过（担任过幽州刺史），并与乌桓人关系很好的刘虞出任幽州牧。第三位，就是名臣黄琬，此人正直敢言，人品和能力都是一流，所以灵帝选拔他出任豫州牧。按照本传记载，黄琬去豫州后，当年就平定了叛乱。这三位都是以九卿的身份出任州牧，因此汉灵帝让他们的官秩保持九卿的中二千石，比郡太守的二千石是高一个档次。在次年（189年），汉灵帝又任命了第四个州牧，就是并州牧董卓，目的是为了让有在并州工作经验的董卓平定南匈奴人叛乱。可是董卓在接受这个职务时，借口羌胡人仰赖自己而不肯放弃兵权，实际上，董卓听说汉灵帝患病不起，便带兵前往河东郡，止步不前，窥望京师。后世有很多人评论这个改革，都是以南梁刘昭在《百官志》中的意见为准绳，认为这是亡国之举，其实并不公允。
汉灵帝时的刺史与汉武帝时的刺史已经有了很大变化，虽然官职仍然是六百石，但权力也接近了州牧。
第一，某些刺史不再是巡察办事，而是可设治所。
《南齐书·州郡志下》：荆州，汉灵帝中平末刺史王睿始治江陵，荆州刺史王叡的治所设在江陵。
第二，刺史可以以平叛为由募兵，但是需要向朝廷批准。
《袁纪·卷28》：光和初（178年），交阯贼梁龙等攻郡县，以（朱）儁治兰陵有名，即拜交阯刺史。儁上书求过本郡募兵，天子（刘宏）许之，得以便宜从事。将家兵二千人，并郡所调合五千人，分两道至州界。交阯刺史朱儁为了平定交趾叛乱，向朝廷申请在扬州会稽郡征兵二千人，得到批准。陈志《武帝纪》裴注引《九州春秋》：灵帝欲北巡河间旧宅，（王）芬等谋因此作难，上书言黑山贼攻劫郡县，求得起兵。会北方有赤气，东西竟天，太史上言“当有阴谋，不宜北行”，帝乃止。敕芬罢兵，俄而征之。芬惧，自杀。冀州刺史王芬申请以平定黑山军为由征兵，获得刘宏批准。后来因为刘宏临时反悔，下诏让王芬罢兵。由此可见刘宏对刺史掌兵的尺度还是非常严格的。汉灵帝秉政时，只设了四个州牧，总体来说，汉灵帝还是慎重的，可惜还是看走眼了两人：刘焉和董卓都是有私心的人。而且托孤的大将军何进，政治才能欠缺，犯险身死引发天下大乱，让有觊觎天下的人有了可乘之机。到了汉献帝时初平元年（190年），董卓掌控朝廷时：益州牧刘焉在益州施行割据之实；幽州牧刘虞虽然忠于汉室，但由于袁绍起兵，他与朝廷也很难交流；豫州牧黄琬是被董卓用诏书罢免回朝；董卓又任命了韩馥为冀州牧。至此，天下有三个州牧：刘焉、刘虞、韩馥。当时关东诸侯起兵反董，他们的身份大部分是刺史、太守，所以有人论断：是“州牧制度”导致乱世，这是轻率且不公允的。